学习生物信息学需要数学和计算机达到什么程度

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学习生物信息学的目的是什么
研究生物信息的采集、处理、存储、传播,分析和解释等各方面的学科,也是随着生命科学和计算机科学的迅猛发展,生命科学和计算机科学相结合形成的一门新学科。它通过综合利用生物学,计算机科学和信息技术而揭示大量而复杂的生物数据所赋有的生物学奥秘。一.生物信息学是一门收集、分析遗传数据以及分发给研究机构的新学科(Bioinformatics is a new subject of genetic data collection,analysis and dissemination to the research community)。(林华安,Dr. Hwa A. Lim,1987)二.生物信息学特指数据库类的工作,包括持久稳固的在一个稳定的地方提供对数据的支持(Bioinformatics refers to database-like activities,involving persistent sets of data that are maintained in a consistent state over essentially indefinite periods of time)。(林华安,Dr. Hwa A. Lim,1994)三.生物信息学是在大分子方面的概念型的生物学,并且使用了信息学的技术,这包括了从应用数学、计算机科学以及统计学等学科衍生而来各种方法,并以此在大尺度上来理解和组织与生物大分子相关的信息。(Luscombe,2001)具体而言,生物信息学作为一门新的学科领域,它是把基因组DNA序列信息分析作为源头,在获得蛋白质编码区的信息后进行蛋白质空间结构模拟和预测,然后依据特定蛋白质的功能进行必要的药物设计。基因组信息学,蛋白质空间结构模拟以及药物设计构成了生物信息学的3个重要组成部分。从生物信息学研究的具体内容上看,生物信息学应包括这3个主要部分:⑴新算法和统计学方法研究;⑵各类数据的分析和解释;⑶研制有效利用和管理数据新工具。生物信息学是一门利用计算机技术研究生物系统之规律的学科。生物信息学基本上只是分子生物学与信息技术(尤其是因特网技术)的结合体。生物信息学的研究材料和结果就是各种各样的生物学数据,其研究工具是计算机,研究方法包括对生物学数据的搜索(收集和筛选)、处理(编辑、整理、管理和显示)及利用(计算、模拟)。
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很强大的信息系统。本科期间用到的机会很少,我毕业论文用到过、核酸序列的时候可能会用到,检索蛋白质我学过
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生物信息学是一门利用计算机技术研究生物系统之规律的学科。
目前的生物信息学基本上只是分子生物学与信息技术(尤其是因特网技术)的结合体。生物信息学的研究材料和结果就是各种各样的生物学数据,其研究工具是计算机,研究方法包括对生物学数据的搜索(收集和筛选)、处理(编辑、整理、管理和显示)及利用(计算、模拟)。
生物信息学的主要研究方向: 基因组学 - 蛋白质组学 - 系统生物学 - 比较基因组学,1989年在美国举办生物化学系统论与生物数学的计算机模型国际会议,生物信息学发展到了计算生物学、计算系统生物学的时代。
生物信息学目前主要应用于:
1,序列比对;
2, 蛋白质结构比对和预测;
3, 基因识别,非编码区分析研究.;
4, 分子进化和比较基因组学;
5, 序列重叠群(Conti...
我是学生物信息的,说实话,本来并不喜欢这个专业,后来毕业了。。。也一直在干这个。如果你对计算机和数学感兴趣,那么的确可以学这个专业,因为生物信息主要是用计算机和数学的方法来分析测序产生的各种数据,比如动植物的,微生物的,等等。
目的:在学校时娱乐老师和自己;工作后娱乐老板和自己
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第三方登录:生物信息学对数学的要求高么?
生物信息学主要的难点在哪里?最有含金量的地方是什么?如果想进入生物信息领域,最需要学好的是哪几门课?
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严格来说,生物信息对数学的要求很高,但高到什么程度就要看具体工作了。一般我在网上看到说生物信息简单的都是公司里做测序跑流程的杂鱼,这些人对他手上的工作完全不懂原理。好在一般生物信息软件开发第一条就是保证不懂电脑的科研人员也能适应,所以傻瓜型的居多。然而数学不行对于做生物信息研究的人是极大的瓶颈,因为最了不起的生物信息领域都落在数学,物理,化学上了,你看到的所有应用其实都是这些领域的理论应用在了生物领域。于是乎,纯生物领域的研究人员对生物信息的理论知识几乎一窍不通,非傻瓜型的软件,尤其是要自己设定大量参数的软件对他们来说几乎是无法适应的。因为你会发现那些软件里面所有的参数你都没有听说过,查到文献全是数学公式,每一个能看得懂。还说了这么多,最后告诉你数学是很重要的,即使你不打断进入开发领域,也能保证你未来的工作顺利。至于要看什么,就要看你未来的具体工作方向,不同方向的理论背景可能是完全不一样的,所以到你有具体工作的时候在讨论比较好。
生物信息学大三本科生。我们学的课程基本是生物数学计算机的核心课程 数学的话 数学分析线性代数你肯定学过啦 微分方程数值分析多元统计概率论数理统计运筹学信息论与随机过程生物统计优化算法组合数学与图论 这些是大三的我上过的课。嗯嗯应该就这些咯 有数学分析的基础以后 就是思想比较重要,统计比较重要,要懂思想,参数的意义啊什么的。以前开过一门课叫数理逻辑, 严格点不知道算不算数学, 那个书的参考教材很不错,离散数学及其应用。我们主要就是偏应用,学的时候老师就会说这些同学们会编程实现就好啦 推荐理论和实践开始就要结合起来~各种R包用起来~~如果不是计算机相关专业的,推荐一门很重要的课 数据结构 java的啊,不是C的刚刚开始看论文的我觉得最难的地方还是算法吧。大牛想算法 如果不会的话就是别人指令什么就做什么呗。但是对我这样的渣渣,还在摸索着学R和perl还有python老师说生物也很重要的=_=基础的话生化 分子生物 细胞生物这个肯定要看滴
我的实验室里有两类做生物信息的人,一个是哈佛毕业的老师,她什么都懂,数学尤其好,用大老板的话说:还没见过有什么她不会算的。而另一类大概就是我等数学并不好只有春生物背景的入门者了。好了不说了,看数学去了…
看你做什么 ,要是只是敲敲代码写写图形界面调用一下别人写好的包 那么是不需要太高的数学背景的。参考web前端私以为在生物信息学中 数学&CS&&生物
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你可能喜欢我已大二,之前被相当于强制分到了生物技术(其原因较复杂),但一直对神经科学跟人工智能感兴趣。后来接触到一些生物信息的东西,感觉这个能把生物学量化,带向真正的科学层面。但是学校给生物技术的学生只安排了高数一门数学课,线代和概率统计都没有上。计算机方面只学过c++和数据结构。我想下学期就进入生物信息的实验室学习,不知道这个假期(目测零零散散加起来也只有一个月)是否应该先系统学习一些数学与计算机的基础课程?不知道是否来得及?生物信息不会让我失望的吧?
学到够用的程度。你要解决什么问题决定了你需要学习哪些语言算法等,从实用性出发,系统性地学习可以先放一放了。
看实验室。学点((perl or python)and R)&br&建议提早跟实验室打招呼,了解研究方向/技能,早定实验计划&br&==============================&br&生信是一个很大的领域,按照我的观察粗粗分来大概有:分子物理流、建模与统计流、算法流、应用生物流、实用工具流、数据库流。根据学生老板背景的不同,同一个组可能专精于其中一个流派,也可能样样包揽。所以达到什么程度还看具体的研究方向……&br&&br&&b&分子物理流&/b&:使用量子力学等手段对蛋白质/RNA等生物分子建模,预测结构、相互作用。这个方向的基础课程是物理、数学系列+简单的生化/分子生物学知识。基本是学物理的小伙伴不慎入坑&br&&br&&b&建模与统计流&/b&:按照行话说,这个方向应该叫做生物数学(生物统计)、计算生物学。他们倾向使用数学工具来模拟生物过程(如心房心室血流量建模)或者开创某些新的统计挖掘方法。基础课程:高数(数分)、高代、概统、多元统计等数学课程,以及一两门统计语言……基本是学数学的小伙伴不慎入坑&br&&br&&b&数据库流&/b&:查文章,针对某一特定的领域收集数据,完善数据库。基础课程:无&br&&br&&b&算法流&/b&:专门为某些生物问题设计算法。比如BLAST、DAVID、PHYLIP……这个方向我研究不多,总之能把握到像BLAST一样的机会,还是少之又少。基础课程:数据结构与算法分析、编程语言。&br&&br&&b&应用生物流&/b&:这个方向目前是生信里面做的人最多的。这个方向一般从具体的生物问题出发,采用一系列软件、数据库,从宏观上理解生物学(比如各种组学)。如果是在其中用到了预测工具,最后很有可能还要回归到生物,用实验验证预测的可靠度。基础课程:生物系列(生化、分子、遗传,根据方向不同也有免疫、植物、生理等)+一两门编程语言+统计语言。在这个方向,比较流行的语言是perl/python,统计语言是R。&br&&br&&b&实用工具流&/b&:做分子物理/建模/统计/算法/数据库的小伙伴终于有一天完成了自己的课题,想让其他做生物的小伙伴使用自己的成果……于是就专门有一批小伙伴去做软件/web server。基础课程:.net/c++(本地化)+(html+css+python/php/asp+sql)(web化),如果实验室没有专门管理网络的,还可能会被抓壮丁做网络安全、服务器、通讯等网络工程师的活儿(不过会了这些干嘛要考虑在实验室?可以考虑跑路了)……基本是学计算机的小伙伴不慎入坑&br&=====================================&br&推荐阅读:&br&&a href=&/question/& class=&internal&&生物信息学一些基本的常用软件有哪些?&/a&&br&&a href=&/question/& class=&internal&&什么是生物信息学?生物信息学中计算机和大数据扮演什么样的角色?&/a&&br&&a href=&/question/& class=&internal&&上海生科院计算生物学伙伴研究所在成立的时候为什么不叫生物信息学研究所?生物信息学和计算生物学有哪些区别?&/a&
看实验室。学点((perl or python)and R)建议提早跟实验室打招呼,了解研究方向/技能,早定实验计划==============================生信是一个很大的领域,按照我的观察粗粗分来大概有:分子物理流、建模与统计流、算法流、应用生物流、实用工具流、数据库流…
看研究方向。&br&一个计算机系或者EE的生物信息实验室,对你的数学和计算机要求会很高。&br&&br&&b&&u&计算机方面:&/u&&/b&&br&1. 计算机体系结构,如果你的研究方向是序列比对的显卡运算,那么需要你掌握计算机体系结构的相关知识,我不是这个方向的砖家,但是这个方向比较偏硬件,缓存大小啊,GPU的运算等等好多需要考虑的。&br&2. 操作系统,如果你的研究方向是各种生物信息算法的并行运算和大数据的分布式算法,需要掌握分布式操作系统的相关知识。&br&以上两个研究方向很少有文章发在Genome Research, Genome Biology, NAR,PNAS, Nature Method等这些杂志上,他们甚至不参加ISMB,RECOMB这些生物信息学的顶级会议,有些人不把他们叫做生物信息。&br&&br&3. 算法设计和数据结构,相对于上面两个研究方向,这个方向已经能够接触到更多的生物学知识了,但是对于算法的设计要求仍然很高。包括基础算法,有些人做semi-linear算法的设计,并行算法的设计。&br&4. 计算机图形学,这个显然是做蛋白质折叠啊,RNA结构啊之类的方向。&br&5. 编译原理,最主要的是自动机模型,会应用在一些模拟中,比如元胞自动机的模拟,细胞行为,进化的模拟上,自动机模型的paper读到过很多。但是你在写代码的时候偶尔也要考虑下编译器的感受啊。&br&6. 语言实现,包括应用级别的模式识别,机器学习算法的库。最常用的包括Java,C++(为了保证运行效率)以及Python的脚本,有些人会用R写一些Biocondutor的库,也能发在Bioinformatics上面。&br&7. Image Processing,最主要的应用包括microarray的处理,测序数据的处理。&br&8. 用户体验和人机交互,主要是做一些GUI程序和Visualiazation Tool的人会考虑这些东西。&br&9. 数据库,做个网站或者数据库,呵呵,如果这也算生物信息的话。。 &br&&br&&b&&u&数学方面:&/u&&/b&&br&1. 离散数学,主要应用是mapping和assemblying的图论算法&br&2. 概率论和统计,主要研究包括error correction以及一些k mer based的算法。但是很多paper都会搞一些概率模型在里面,更多的是统计系做生物统计的人做的,暂时认为生物信息不包括生物统计。&br&3. 矩阵运算,包括线性代数的一般运算,这应用在计算机图形学的算法中,还有比如模式识别算法等需要矩阵的微分和积分运算。这就牵扯出下面的:&br&4. 微积分, 很多人都觉得生物信息包括计算机算法很少运用到微积分模型,但是由于生物里面有个什么理论说所有的进化啊蛋白质折叠都遵循能量最小,就搞出来个信息熵的概念,以及很多地方的minimum likelihood算法对概率计算的要求,微积分的应用也有很多。&br&&br&我上面提到的这些只是泛泛说了下,并举了几个研究方向的例子,如果详细说可能要说很多很多,不是数学专业的,对数学的整体架构和分类理解都不深。&br&&br&但是生物实验室有些对计算机和数学要求极低。。会安装和使用别人的程序就行了。。
看研究方向。一个计算机系或者EE的生物信息实验室,对你的数学和计算机要求会很高。计算机方面:1. 计算机体系结构,如果你的研究方向是序列比对的显卡运算,那么需要你掌握计算机体系结构的相关知识,我不是这个方向的砖家,但是这个方向比较偏硬件,缓存…
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